A série narra as aventuras de três irmãos muito inteligentes, os órfãos Baudelaire. Violet Baudelaire, a mais velha, é uma inventora e tem quatorze anos quando a série se inicia; Klaus Baudelaire, o irmão do meio, é um grande leitor e tem doze anos no começo da trama; e Sunny Baudelaire, a caçula, é uma menininha de três anos que gosta de morder objetos e fala em uma linguagem compreensível apenas para seus irmãos (sua fala vai se desenvolvendo ao longo da série). A história parte do momento em que as crianças são informadas de que seus pais faleceram em um terrível incêndio que ocorreu em sua mansão, destruindo-a. No primeiro livro, as crianças vão viver sob tutela de um primo distante, o Conde Olaf, um homem terrível e pouco higiênico que tenta roubar a enorme fortuna que seus pais lhes deixaram.
Em cada livro as crianças são levadas a um novo tutor excêntrico; o Conde Olaf sempre os acha onde quer que estejam, aparecendo em disfarces ridículos com um plano diferente para roubar a fortuna das crianças. Aparentemente, os únicos que não são enganados pelos disfarces são os Baudelaire. A série segue nesse formato até o sétimo livro, quando os papéis são trocados, e do livro oitavo ao duodécimo as próprias crianças usam disfarces e são perseguidas pela polícia, após serem falsamente incriminadas pelo Conde Olaf.
A partir do quinto livro da série as crianças vão descobrindo o segredo que envolve suas vidas e a vida e morte de seus pais. Neste livro, as crianças são enviadas a um internato, onde conhecem os irmãos Quagmire, que também perderam os pais e um irmão em um incêndio. Nos próximos livros as crianças vão compreender que os incêndios não foram mera coincidência, e eventualmente descobrem que seus pais faziam parte de uma organização, a C.S.C., junto com vários de seus guardiões.
Os irmãos são perseguidos pelo infortúnio aonde vão, mas ocasionalmente algo bom lhes acontece, e eles frequentemente encontram pessoas boas e bem-intencionadas. No fim os Baudelaire têm de contar com suas forças e um com o outro para desvendar o mistério e finalmente encontrar um lugar que possam chamar de lar.
Cada um dos irmãos tem um dom distintivo que os ajuda frequentemente em situações difíceis. Violet sempre cria invenções para ajudá-los, Klaus sempre fornece informações de livros, e Sunny tem dentes afiados que podem morder qualquer coisa. Nos livros finais, Sunny aprende a cozinhar à medida que começa a desenvolver dentes normais, e cozinhar se torna sua habilidade principal. Sunny originalmente falava em palavras únicas, que por vezes continham indicação do significado, faziam referências culturais (no décimo livro, ela diz "Matahari", o que é traduzido como "Se eu ficar, posso espiá-los e descobrir."), ou eram de outras línguas ("Shalom" ou "Sayonara"), mas eventualmente ela aprende a falar em frases completas.
